由緒沿革は、後醍醐天皇の第３皇子護良親王即ち大塔宮尊雲法親王（三千院第31世、天台座主第１１６世、１１８世）の創建と伝えら、本尊阿弥陀如来は護持佛と伝えられる。

文化１４年（1814）８月７日の火災に遇い、悉く焼失し再建せるを以て由緒不詳（念佛寺事務担当 梅谷孝永手記）

その後に再建された伽藍も亦、昭和９年・１０年の台風により倒壊、流失する。時に三千院門跡第５６世 堀　恵慶大僧正は、由緒ある念佛寺は古くから地元の回向寺でもあることから復興を発願されて、上野の浄名寺に赴き、地蔵比丘 妙運大和尚誓願による八万四千体地蔵尊建立の内、第五万四千九百四十二番を念佛寺に勧請されて、高橋三広氏に等身大石仏を創り、現在の念佛寺境内地に建立し開眼供養を修し復興を祈願される。昭和13年現在の地に移転再建されました。

境内には八万四千体の地蔵尊建立の内、五万四千九百四十二番が祀られ、寺からは大原の棚田と里山の四季の変化が楽しめます。